Der Germer kann sehr leicht mit dem Gelben Enzian verwechselt werden so lange er noch nicht blüht. Es kommt deshalb immer wieder zu tödlichen Vergiftungen. Der Gelbe Enzian wird zur Herstellung des berühmten Enzianschnapses verwendet.

Sicheres Unterscheidungsmerkmal ist die Anordnung der Blätter am Stengel. Beim Germer sind sie spiralig-wechselständig, beim Gelben Enzian gekreuzt-gegenständig angeordnet.